Колёса делать разными не стоит- нужны разные покрышки, это крайне непрактично.
Центр тяжести- ерунда. Посмотрите на обычный велик без мотора. Центр тяжести явно выше осей колёс, но даже 3-х летнего ребёнка это не парит, в движении это не играет роли.
Батарея в самом низу- легко повредить , а оно надо?
Думается, трогать раму-донора не стоит, надо сделать другой маятник под мк и всё. Или вообще оставить родной, поставив внешний мотор и привод цепью. акб-под сиденье, там прилично места.