..Очевидно, что шим будет несинхронным. Но И тут не вижу проблемы.
Ну так два полумоста соединены выходами вместе, несинхронность откроет в одном нижний ключ, а во втором верхний, будет КЗ. Но это когда мы говорим про правильные контроллеры.
Есть блочные контроллеры которые ШИМят не двумя ключами полумоста, а только нижними, верхний сачкует и работает как диод. В этом случае оно конечно может и не погореть (а вот синусные должны погореть, у них обычно ШИМят всем полумостом), но, несинхронность работы нижних ключей из за наложения увеличит заполнение ШИМ которая будет пульсировать с частотой биений частот ШИМ, возможны интересные эффекты в поведении мотора (как минимум это должно быть слышно на слух).
Тут бОльшую опасность представляет несинхронность перехода по холлам с одной позиции холлов на другую, если один контроллер сделат это раньше, и та фаза которая ШИМила нижним ключем встанет в удержание верхнего ключа, а у второго контроллера не успеет и ШИМ нижнего с ним встретится в виде КЗ. Я лично таких экспериментов ставить не хочу.
Если уж очень хочется, то 6 мощных дросселей с каждого контроллера в разрыв фазных должны слегка сгладить проблему, риск ушатать контроллеры сильно уменьшится, но все равно останется.
А еще при рекуперации возможны не меньшие ньюансы.