У меня такое было, когда начала дохнуть батарейка. Как я понимаю, контроллер сравнивает напряжение на двух аккумуляторах (там такой тоненький проводочек идет к каждому аккумулятору), и если оно отличается, то контроллер отключает зарядку.
Сними крышки с обеих сторон, отключи один из аккумуляторов и попробуй воткнуть зарядку, если заработает - значит, виновник найден, они обычно оба сразу не выходят из строя, по одному.